人羊同源基因转换

花了我4个小时，biomart包的教程很多，人和小鼠和猴子都很方便转，一到师弟的羊的就没法了。。气得我一直在研究，我感觉原因是尽管羊的基因组是oaries那个，但是它里面没有同源这个注释。既然人和小鼠都能实现转换，我就仔细查看了useMart读进去的数据结构，发现里面都有homolog_gene_id这种行而且人的里面支持巨多物种，但师弟羊的那个就没有。于是我用人的提取了同源转换信息。

#安装包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("biomaRt")
library(biomaRt)
library(dplyr)
library(stringr)

#获取物种的 ensembl dataset 名称和版本
mart = useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL")
df = listDatasets(mart)

### 获取数据
human = useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
#这一步就能查到，人可以实现哪些物种的同源转换
human_type <- listAttributes(human)


use_gene<- read.csv("gene.csv")

## 构建转化函数
genelist <- use_gene$gene_name
human_gene <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name","oarambouillet_homolog_ensembl_gene","oarambouillet_homolog_associated_gene_name"),
                         filters = "external_gene_name", values = allgene,
                         mart = human)

这样从人的数据库就可以得到一份，人到羊的同源转换列表了。
当需要其他物种的时候，从listAttributes(human)查一下，更换转化函数的“id”就可以了
人的转到羊，大概有15000基因，数量上看也差不多
等以后学到新的再来检查这个看看，如果有错希望大佬看到帮我指导一下