首先我们了解一下百度百科对分子进化的定义：
分子进化（molecular evolution），生物进化过程中生物大分子的演变现象。主要包括蛋白质分子的演变、核酸分子的演变和遗传密码的演变。
分子进化从组织层次上说是生物组织的基础层次的进化，有两个显著特点：进化速率相对恒定和进化的保守性。 生物大分子进化速率相对恒定是建立分子系统树的理论前提。
近年来一些重要的分子系统学研究进展主要有：
（1）生物进化系统的3条主线，即30多亿年以前，整个生物界就分为原始真核细胞生物、原始真细菌和原始占细菌三大界。
(2)分子系统学的研究支持了真核细胞的共生起源说。
（3）分子系统学的研究结果大部分与传统的根据表型比较而建立的系统树相符合，但也有一些与传统的系统进化观点不吻合的结论。
（4）揭示了一些过去表型系统树上模糊不明的或争论未决的系统进化问题。
在理解这一理论之前，我们来介绍一个人
William paley(1743-1850)
他认为，生物体的复杂设计不可能是偶然的，也不是由物理、化学和天文学的机械定律实现的，而是由一个无所不知、无所不能的神灵完成的，就像一个用来分辨时间的手表的复杂性是由一个聪明的制表师完成的一样。
创造对我们来说是一个奇迹！ 但上帝不是因为上帝，他是万物的主人和创造者，包括科学的规律和维度，无论是看得见的还是看不见的。
Darwin and homology
Darwin’s design without designer
“自然系统是基于经过修改的下降。博物学家认为表现出真正亲和力的字符[即同源性]是那些从共同父母那里继承下来的字符，到目前为止，所有真正的分类都是家谱的;血统社区是博物学家无意识地寻求的共同纽带......”
————查尔斯·达尔文，《物种起源》，1859年，第404页。
Homology means common ancestor
来自共同祖先的后裔，但为什么生物如此多样化？
Darwin's Finch
物种之间最重要的区别在于喙的大小和形状，喙高度适应不同的食物来源
他总结道：力量背后是"自然选择"
From Darwin, 1859
我相信，总有一天，尽管我不会活着看到它，届时我们将拥有每个伟大的自然王国的相当真实的家谱树。
达尔文理论的主要思想
(1)物种的不恒定性。
(2)共同血统的分支理论。
(3)逐渐进化。
(4)物种的繁殖
(5)自然选择
物种起源
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