分子进化理论（9）

The evolution of evolution

其他理论
新达尔文主义（费舍尔（1930），赖特（1931），霍尔丹（1932），多布占斯基（1937年，1951年）等）
Saltationism
Ultra-Darwinian
……

同义突变&非同义突变

同义突变，碱基替换不引起氨基酸改变，则称为同义突变，又称为中性突变(neutral mutation)或沉默突变(silent mutation)。同义突变的原因是点突变发生在密码子的第三个核苷酸，由于遗传密码的简并性，这个突变后的密码子恰恰同突变前的密码子编码同一氨基酸，这样，突变不会改变蛋白质中的氨基酸序列。
引起编码氨基酸改变的碱基替换又称为非同义替换。非同义突变，又进一步分为错义突变(missense mutation) 和无义突变(nonsense mutation。错义突变是指受到影响的密码子变成另一种新密码子，编码一个新的氨基酸，使氨基酸序列发生变化。错义突变大多发生在密码子的第一位或第二位核苷酸。无义突变是指一个编码氨基酸的密码子，在点突变后变成了一个终止密码子，使多肽合成提前中止，产生了缺失原有羧基端片段的缩短的肽链。在多数情况下，这种截短尾巴的蛋白质片段是没有活性的。

Statistic :Ka/Ks (dN/dS)

定义：

Ka：非同义替换率

Ks：同义替换率

三种选择

ka/ks应用：
1）、诊断序列演变的形式。
Ka/Ks < 1 ， 负选择
Ka/Ks ~ 1 ： 中性选择
Ka/Ks > 1， p正选择
2）、估计发散时间。
Ks是近似中性的距离，可以帮助我们估计发散时间。从实践上讲，Ka有时表现得更好。