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1.示例数据
在公众号回复：dexp.csv，获得示例数据。
示例数据：40个基因，每个基因9个重复，加上这9个重复各自的观测值，以及每个基因的长度。
2.读取数据
dexp <- read.csv("dexp.csv",row.names = 1)#设置第一列为行名
做散点图-以此为基础进行标度的修改练习
library(ggplot2)
p<-ggplot(data = dexp, aes(x = Gene, y = Expression))
pp <-p+geom_point(aes(color = Sample,
size = Expression,
shape = Group),
alpha = 8/10)#透明度是80%
散点图--默认的样子
3.修改标度
关于标度、引导元素、图例、标签的定义如果你还不会，参考ggplot第六篇教程。
修改一：引导元素名称，参数name
ppname <- pp+ scale_x_discrete(name = "doudouGene") +
scale_y_continuous(name = "huahuaExpression") +
scale_color_hue(name = "doudouSample") +
scale_size_continuous(name = "huahualength")
修改引导元素名称后
#后来继续学了一下，这个原来是有简单方法的,而且还可以写中文
ppname <- pp + labs(x = "豆豆", y = "花花",
color = "嘻嘻", size = "哈哈",shape="你看啥") #简单的写法
修改引导元素名称的简单方法
修改二：改标签，参数labels
在第六篇中的修改2，只修改了x轴的标签（坐标）：参数lables，这里补充其他标签的修改方法。
（1）初阶：修改x轴标签（也就是坐标）
pplabel <- pp + scale_x_discrete(labels = c(1:40))
修改横坐标刻度后
（2）中阶：修改其他标签
这里涉及到一个必会的知识点：离散型变量和连续型变量（discrete），通俗的解释就是字符算是离散型，数字算是连续型（continuous）
y轴坐标是数字，所以只能改数字的格式，有四种格式可以改：
- comma 每隔三位数显示逗号的格式
- percent 百分数
- dollar 美元
- scientific 科学计数法
修改连续型变量需要加载一个scales包（我已经忘了是不是自带的了。。）
library(scales)
pplabel2 <- ppname + scale_x_discrete(labels = c(1:40))+
scale_y_continuous(labels = dollar) +
scale_color_hue(labels = paste("doudou",seq(1,9),sep=""))+
scale_size_continuous(labels =scientific)+
scale_shape_discrete(labels=c("huahua1","huahua2","huahua3"))
代码是我反复试出来的，不准直接盗走，要学会哦
注意一个问题：
这里的＋是写在上一行末尾，不是写在第一行开头，否则就会报错，比如：
代码不重要，看报错
R的报错很任性，很严谨，而且还很有用。我喜欢_
修改3：定义域和值域，参数limits
pplim1 <- pp+ scale_x_discrete(limits = paste("G",seq(5,9),sep="")) + #只显示5-9
scale_y_continuous(limits = c(500, 1500))#只显示小于500-1500的-复杂的写法
还有一个简化的命令
pplim2 <- pp + xlim(paste("G",seq(5,9),sep="")) +#简单的写法
ylim(500, 1500)
修改了横纵坐标的取值范围，也就是定义域和值域
然后会出现一个警告信息，注意是警告不是报错
有325行的数值没做进图里，也就是少了325个点
这些点是pp这个图里的一部分，那对应哪一块呢？
修改4：设置显示的刻度（breaks）
这个例子是为了让你看清楚这个操作只是隐藏或者增加了一些刻度，在实际应用中，比如x轴坐标隔一个显示一个，或者改变y轴的刻度跨度等等，还是比较实用的。
ppbreak <- pp + scale_x_discrete( breaks = paste("G",seq(5,9),sep=""))+ #只是动了坐标轴，全部显示
scale_y_continuous(breaks = seq(500,1500, by=100))#500-1500 #每一百设置一个刻度
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