RBP AS生信流程（三）定量二

作者: cHarden13 | 来源:发表于2020-09-14 14:36 被阅读0次

用jimmy老师的方法定量：

featureCounts -T 10 -p -t exon -g gene_id \
-a /home/sxw/HF/Homorefer/humangtf/genecode38.gtf -o all.id.txt *.bam 1>counts.id.log2>&1&

RBP AS生信流程（三）定量二
用jimmy老师的方法定量：
RBP AS生信流程（三）定量
RSEM软件会生成基于基因的定量结果_rsem.gene.results和基于转录本的定量结果_rsem.iso...
RBP AS生信流程（五）RBP定量和AS事件相关性
featurecounts的输出文件查看featurecounts输出文件：第一行是运行代码，第一列为基因名，...
RBP AS生信流程（二）STAR比对
STAR比对比对原理参考生信媛的文章：https://www.jianshu.com/p/16c938fd3bd...
RBP AS生信流程（一）
理解RNA-seq流程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/139773946 安装fast...
RBP AS生信流程（六）
ENCODE的CLIP-seq数据应该怎么用？
RBP AS生信流程（N）RBP表达量提取
RBP AS生信流程（四）rMATs
rMATs rMATs运行：在rMATstest这个文件夹里有官网下载好的2x2测试文件：用samtools查...
RBP AS生信流程（N）RBP与AS相关性
RBP AS生信流程（附）软件安装
samtools 尝试了各种方法后，最后用conda install samtools安装成功 Piranha 安...

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