蓝藻水华是池塘水质恶化的最终表现，也就是说，在池塘生态环境恶化的过程中，蓝藻逐渐占了上风，单藻独大并最后导致自身老化和崩溃。
在许多物种由于环境恶化而灭绝的今天，为什么这种古老、原始的蓝藻反而生长得更加疯狂？这必须从容易形成水华的蓝藻的生物学特性去寻找答案。
（1）拥有碳酸酐酶，一种催化碳酸氢根分解为二氧化碳和水的酶：
HCO3 —> CO2 + H2O
在水产养殖pH范围内，水体中溶解的无机碳（DIC：CO2 + HCO3 + CO3）的主要形态是HCO3，占DIC的90%以上。因而碳酸酐酶赋予蓝藻极高的二氧化碳亲和力，只要水体中有那么一丁点DIC，蓝藻都能以接近100%的最高速度进行光合作用。
（2）完善的光氧化保护系统。当水体中无机碳不足，不能满足卡尔文循环的暗反应时，暗反应酶系中的戊酮糖-1,5-二磷酸羧化酶就会转变成加氧酶，催化1,5-二磷酸戊酮糖氧化并裂解成磷酸甘油酸和磷酸乙醛酸，经一系列代谢后产生具有很强细胞毒性的过氧化氢。如果没有完善的保护系统，藻类就会因过氧化氢中毒而死亡。而蓝藻已经进化出完善的光氧化保护系统，因而赋予蓝藻具有强大的抗逆境的生存能力。
（3）具固氮酶系。固氮酶系赋予蓝藻在氮、磷、钾失衡的条件下具有正常的生长能力。尽管正常池塘环境下氮源并不缺乏，但在晴朗天气条件下，有可能出现局部氮源缺乏的现象，特别是藻类密度大、透光层浅的静水池塘。
（4）具伪空泡。伪空泡可调节藻类在水体中浮力，在上午太阳出来之后，蓝藻可借助伪空泡的浮力作用快速上升到最佳光合作用光照强度的位置，有利于争夺光源。
（5）个体微小。生物个体体积越小，比表面积越大，对水体中各种营养素的吸收能力也越强，特别是在水体微量元素低于临界浓度的情况下，许多个体体积大、比表面积小的藻类就失去了竞争能力，无法生存和生长。
（6）藻毒素。某些蓝藻处于不良环境下还会分泌藻毒素，不仅毒死滤食性生物，避免被摄食，而且还抑制其它藻类繁殖和生长，从而独占资源。大量繁殖的结果导致池塘生态系统物质周转中断，自身老化死亡。
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