2024-03-02从gff文件中获取多区域基因ID

作者: candel | 来源:发表于2024-03-01 09:18 被阅读0次

基因家族分析五(基因家族在染色体上的位置图)
基因组注释文件(GTF/GFF)格式介绍
python-gffutils 修改gff3文件基因名称
基因家族分析十（基因家族加倍分析）
gbff 文件
79.《Bioinformatics Data Skills》之
从NCBI中GEO profiles中获取差异调控芯片数据。
Gencode 数据库
小程序获取wxml中的id值，缓存并取值
gff格式与gtf格式转换——gffread

awk -F "\t" 'BEGIN {OFS="\t"}$3=="gene" {print $1,$4,$5,$9}' final_sorted_with_promoter.change.gff3  >final_sorted_with_promoter.change.gene
bedtools intersect -a region.xls -b final_sorted_with_promoter.change.gene -wa -wb | awk -F ";" '{print $1}'> EAR_SR3.gene.name

注意，region.xls和 final_sorted_with_promoter.change.gene文件均为bed格式。
bed格式前3列为必须有的，分别为染色体，起始位置，终止位置。

image.png

由于 region.xls 我在excel表格整理出来的，格式是dos系统的，会报错。因此需要在linux下打开后用set ff=unix改成linux系统的。

基因家族分析五(基因家族在染色体上的位置图)
绘制基因家族咋染色体上的位置一：准备文件 1.拟南芥NBS基因ID2.拟南芥gff文件3.拟南芥基因组长度4.在...
基因组注释文件(GTF/GFF)格式介绍
基因组注释文件GTF/GFF格式的介绍 GFF 2 -> GTF -> GFF 3 The GTF ...
python-gffutils 修改gff3文件基因名称
gff3格式基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终...
基因家族分析十（基因家族加倍分析）
一：数据准备自己去下载拟南芥的基因组，gff3，CDS序列，pep文件。 1.根据gff文件获得基因位置信息。 ...
gbff 文件
包含基因和序列信息 bp_genbank2gff3.pl脚本可以把gbff文件转化成gff文件
79.《Bioinformatics Data Skills》之
某些基因组文件（包括GFF，BED与VCF类型）特别大，无法读入到内存。然而需要随机地读取某些区域的信息的话，不读...
从NCBI中GEO profiles中获取差异调控芯片数据。
从NCBI中GEO profiles中获取以上基因对应的差异调控芯片数据。以拟南芥为例： 1）以基因ID在GEO...
Gencode 数据库
下载人/小鼠基因组和相对应的gtf/gff文件。。官网各类gff下载点击：dakaiftp://ftp.eb...
小程序获取wxml中的id值，缓存并取值
1、wxml文件中绑定id值 2、js文件中获取id值并缓存 3、detail.js文件中获取缓存值
gff格式与gtf格式转换——gffread
gff和gtf格式都可以储存基因信息，但是不同的软件对于文件格式的要求不同。关于gff文件和gtf格式的详细介绍...