省时又省力,几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线。
01—研究背景
抛出问题:
“ 比如说我们通过差异基因或者WGCNA找到了几百个基因,如果用上述的方法一个一个的做cox分析,等我做完了,师弟师妹都换好几轮了。 ”
开发一个能批量做生存分析的工具,这样小伙伴可以对几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线,省时又省力。
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http://sangerbox.com/Tool 点击“简易批量生存分析工具”
02—使用方法
1.输入数据格式
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1.1__表达矩阵:行名为基因名称,列名为样本名称,如下图所示:
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1.2__生存信息:共有三列,第一列为样本名称,要与表达矩阵的样本名数据一样,第二列为生存时间,第三列为生存状态,0代表存活,1代表死亡。样本信息和表达矩阵能自动匹配样本,无需手动整理样本。样本信息如下图所示:
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2.设置参数
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3.结果目录
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