美文网首页
简易批量生存分析工具!省时又省力!

简易批量生存分析工具!省时又省力!

作者: 生信学霸 | 来源:发表于2020-06-23 09:26 被阅读0次

省时又省力,几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线。

01—研究背景

抛出问题:

“ 比如说我们通过差异基因或者WGCNA找到了几百个基因,如果用上述的方法一个一个的做cox分析,等我做完了,师弟师妹都换好几轮了。 ”

开发一个能批量做生存分析的工具,这样小伙伴可以对几百个基因做生存分析,挑选对样本的生存状态有显著影响的基因,然后用这些基因进行进一步的做生存分析,绘制ROC曲线,省时又省力。

网址导航

http://sangerbox.com/Tool 点击“简易批量生存分析工具”

02—使用方法

1.输入数据格式

----------

1.1__表达矩阵:行名为基因名称,列名为样本名称,如下图所示:

点击添加图片描述(最多60个字)编辑

1.2__生存信息:共有三列,第一列为样本名称,要与表达矩阵的样本名数据一样,第二列为生存时间,第三列为生存状态,0代表存活,1代表死亡。样本信息和表达矩阵能自动匹配样本,无需手动整理样本。样本信息如下图所示:

点击添加图片描述(最多60个字)编辑

2.设置参数

----------

点击添加图片描述(最多60个字)编辑

3.结果目录

----------

点击添加图片描述(最多60个字)编辑

相关文章

网友评论

      本文标题:简易批量生存分析工具!省时又省力!

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/erscfktx.html