学习小组Day3-萌翻

学生信的第三天，萌翻今天又来报道啦！

今天学了Linux 如何安装软件，可能因为学的还是基础入门的，目前感觉上手很容易，安装的过程也很顺利。虽然Linux的操作页面只有代码，一开始有点不习惯，但经过昨天和今天的操作，已经有点迷上了这种告别鼠标敲代码的感觉。

下面还是记下安装过程中重要的代码：

Linux安装软件之前还需要下载Linux的应用商店conda，教程里是让下载miniconda，我当时不下心下成了conda，不过也没关系miniconda是conda的精华版，我后来又下了miniconda，为了和教程一样，担心运行出问题好对比出不同，下面的操作是在miniconda下运行的。

miniconda安装成功后需要先激活

source ~/.bashrc
conda

3-1.png

添加镜像（直接输入一串代码，配置镜像，可加快下载速度）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

准备工作 这里以fastqc为例

conda list 查看服务器所有软件
conda search fastqc 搜索conda软件
conda install fastqc=0.11.7 -y 安装软件

3-2.png 3-3.png 3-4.png

卸载软件

conda remove fastqc -y

3-5.png

补充关于conda 环境设置不同的分身，安装不同的软件，彼此互不干扰

conda info --envs 查看当前conda环境

3-6.png

这里的 * 是指默认

这里举例建立一个叫rnaseq的conda环境，指定python版本为3，安装软件fastqc，trimmomatic（这里可以同时安装两个软件，同时完成）

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

conda activate rna-seq 激活新的conda环境（默认*会转移到rnaseq前面去）
conda deactivate 退出当前环境

今天的学习就到这里了，明天再接再厉！