学习小组Day3笔记--小孙

Linux环境中如何安装软件

第一步—下载miniconda

conda囊括了日常所需的生信软件，我下载的是conda的浓缩版—miniconda
1、输入命令uname -a，查看服务器是64位还是32位
2、进入清华的conda镜像网站
3、找到相应的下载链接，右键复制链接
4、输入命令：wget 下载链接
5、下载完成以后输入命令安装：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
6、根据安装提示输入Enter或者yes
7、安装成功以后设置环境变量：source ~/.bashrc
8、输入命令：conda，若出现帮助信息则安装成功

我的失败经验：

第一次安装设置环境变量失败了，使用 rm -rf miniconda3 删除了目录

删除目录
重新安装了一次，可以看到设置环境变量成功后会出现（base) 设置环境变量

第二步—添加镜像网站

为什么要添加镜像网站？
因为本来默认的下载网址在国外，我们在国内下载会很慢。所以需要添加位于国内的镜像网站，可以提高下载速度。

输入以下命令： 镜像网站

第三步—conda的使用

1、查看当前服务器上安装的所有软件列表：conda list
2、搜索conda软件：conda search 软件名
3、安装软件：conda install 软件名 -y
4、 卸载软件：conda remove 软件名 -y

第四步—conda 环境

1、查看当前conda环境：conda info --envs

*是默认的意思

2、建立一个名叫rnaseq的conda环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3、再次查看conda环境，会发现多了一条，但默认还是base

4、激活新的conda环境：conda activate rna-seq，默认的*转移到rna-seq前面，用户名前面出现了(rna-seq)

5、退出当前环境：conda deactivate