单细胞测序研究可以说是空前火热，甚至有人说如今单细胞测序几乎已经成了每个科研课题组的必备品。相信能下这种结论的大佬，实验室肯定是比较富余的。对于囊中羞涩的科研人员，难道就不能研究单细胞了吗？答案是否定的。因为公共数据的挖掘是没有止境的。而且已有研究人员开发了多个单细胞数据库，不管是查数据，还是简单分析，都非常方便。不过拿到了单细胞测序数据，下游分析该怎么做？今天就给大家介绍一篇相对简单的分析思路。
更多生信文章https://biosxr.gaptools.cn/pc https://biosxr.gaptools.cn/pc
意向挖掘 生信思路 意向分析表单
文章2020年十二月份在线发表在Molecular Therapy-Oncolytics（IF: 4.115）。
Single-cell RNA-sequencing analyses identify heterogeneity of CD8+ T cell subpopulations and novel therapy targets in melanoma
单细胞RNA序列分析鉴定CD8+T细胞异质性黑色素瘤的亚群和新的治疗靶点
一、摘要：
CD8+T细胞是建立抗肿瘤免疫的关键，其高浸润性与良好的预后相关。然而，肿瘤微环境中的CD8+T细胞亚群在肿瘤的预后、进展和免疫治疗中可能起着不同的作用。作者分析了之前发表的单细胞RNA-Seq黑色素瘤数据，探索CD8+T细胞的异质性，识别了7个主要的亚群，对不同亚群进行了细致刻画。最后识别了PMEL, TYRP1, EDNRB可能作为潜在的黑色素瘤治疗靶点。
二、材料方法：
GEO scRNA-seq，TCGA SKCM，GTEx，pathway活性，CIBERSORT，K-M，GO，KEGG，GSEA，细胞网络，治疗靶点。
三、结果：
1.黑色素瘤中识别CD8+T细胞亚群
图1.黑色素瘤TME中的CD8+ T细胞亚群
2.CD8+T细胞亚群与预后相关
图2.SKCM RNA序列样本中CD8+T细胞亚群的细胞组成
3.异质性的通路活性landscape
图3.CD8+T细胞亚群代谢通路活性
图4.CD8+T细胞亚群Hallmark和免疫检查点通路活性
4.时间轨迹揭示了免疫检查点的动态变化
图5.细胞亚群分化轨迹
5.CD8+T细胞亚群中的异质相互作用对和转录因子
图6.不同亚群细胞-细胞互作与转录因子
6.新治疗靶点识别
图7.筛选并验证了新的治疗靶点
总结：
文章结合scRNA-seq和TCGA以及GTEx数据，以CD8+T细胞为切入点，探索了黑色素瘤的异质性。对于特异的细胞亚群进行了相对细致的刻画，并且最后还识别了潜在的治疗靶点。整体上来说，内容相对丰富，前后衔接也非常紧密。非常适合作为单细胞数据分析的入门参考文章。
更多生信文章https://biosxr.gaptools.cn/pchttps://biosxr.gaptools.cn/pc
意向挖掘 生信思路 意向分析表单
网友评论