Sniffles：长读长数据SV检测

                                Sniffles使用简介

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介绍:

        Sniffles用于检测长读长数据的SV。主要为Pacbio数据而设计，但对于Oxford Nanopore数据也是可以的。SV是基因组上的大片段事件（例如，deletion,duplication,insertion,inversion and translocation）。Sniffles能检测这些类型也能检测巢式SV（例如，inversion周围存在deletion或invert duplication）。

下载：

    https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles/releases

安装：

wget https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles/archive/master.tar.gz -O Sniffles.tar.gz

    tar xzvf Sniffles.tar.gz

    cd Sniffles-master/

    mkdir -p build/

    cd  build/

    # 可下载编译好的cmake进行软件的编译

    cmake ..

    make

快速使用：

    ./sniffles -m mapped.sort.bam -v output.vcf

    -m    排序后的BAM文件

-v     输出vcf文件

群call（population SV calling）

以下介绍如何使用Sniffles和SURVIVOR获取多样本VCF文件

（1）获取各个样本的VCF

首先使用sniffles对各个样本进行SV的鉴定：

    sniffles -m my_sample.bam -v my_sample.vcf

（2）合并多个样本的VCF

首先，获取SURVIVOR软件，下载：https://github.com/fritzsedlazeck/SURVIVOR

使用说明：https://github.com/fritzsedlazeck/SURVIVOR/wiki

a. 合并文件前需要进行排序

b. 将所有VCF文件的路径放入一个文件，例如：

    ls *sample.vcf > vcf_files_raw_calls.txt

c. 使用SURVIVOR将这些文件进行合并，生成一个VCF文件：

    SURVIVOR merge vcf_files_raw_calls.txt 1000 1 1 -1 -1 -1merged_SURVIVOR_1kbpdist_typesave.vcf

该步骤生成了共有的SV事件，但是没有保留各个样本特有的SV信息。

（3）强制检测所有样本的SVs

基于全部样本再次运行sniffles，例如：

sniffles -m my_sample.bam -v my_sample_gt.vcf --Ivcfmerged_SURVIVOR_1kbpdist_typesave.vcf

当各个样本完成运行后，再次合并VCF文件，同样将上述VCF文件路径写入到一个文件，例如：

ls *sample_gt.vcf > vcf_files_gt_calls.txt

然后运行SURVIVOR：

SURVIVOR merge vcf_files_gt_calls.txt 1000 -1 1 -1 -1 -1 merged_gt_SURVIVOR_1kbpdist_typesave.vcf

(The -1 for the minimum SV caller is necessary to obtain all calls even if they might be 0/0 in all samples.)

参考文献：

[1] Accurate and fast detection of complex and nested structural variations using long read technologies. Biological Data Science, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY, 26 - 29.10.2016.

[2] NGMLR: Highly accurate read mapping of third generation sequencing reads for improved structural variation analysis. Genome Informatics 2016, Wellcome Genome Campus Conference Centre, Hinxton, Cambridge, UK, 19.09.-2.09.2016.

[3] Transient structural variations have strong effects on quantitative traits and reproductive isolation in fission yeast. Nature communications, Vol. 8, 14061, 24.01.2017, p. 1-11. DOI:10.1038/NCOMMS14061.

[4] Accurate detection of complex structural variations using single-molecule sequencing. Nature Methodsvolume 15, pages461–468 (2018).

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