R包的使用举例

如何配置镜像

前面提到过，配置镜像是为了加快下载速度，所以首先我们要先配置镜像。具体参考文章：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗
我在这里简单概括一下文章的操作，首先要输入代码

options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#对应中科大源
当然可以换成其他地区的镜像

首先先解读一下上面的代码，options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置，，repos代表的是下图的repository

image.png
这个多数在刚装Rstudio的时候就设置了，CRAN是R默认使用的R包仓库，此外还有几个软件包仓库，而Bioconductor是基因组数据分析相关的软件包仓库，所以第一个options的代码设置的是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的；另外即使设置了这里，Rstudio也不是每次都能真的从CRAN去下载包，可以通过options()$repos来检验，如图

image.png

所以第二个options就是设置Bioconductor的镜像的。options()$BioC_mirror可以查询镜像是否设置成功，但是，这两个options需要每次打开Rstudio的时候都操作，很是麻烦，所以有个简便的方法。

首先先补充一下背景知识：Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是.Renviron，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的）

那我们只要设置一个有这两行options的Rprofile文件就好了呀。
首先，file.edit()来编辑文件

image.png

输入代码后，因为我之前已经设置过Rprofile了，所以再输入代码时就会显示出我之前设置的Rprofile的内容，保存Rprofile然后退出Rstudio，再重新进入Rstudio后，options()$repos和options()$BioC_mirror检查一下吧，是不是都自动运行了呢？
设置完镜像后，我们开始R报的安装吧

R包的安装

首先电脑联网，毕竟巧妇难为无米之炊，你不联网，输入再多的代码也白搭。
install.packages(R包名字)只能用于安装发布在CRAN上的包
BiocManager::install(R包名字)用于Bioconductor中的。至于你要找的R包到底存在哪里，就只能你自己去谷歌了。以dplyr包为例（这个包常用于数据处理，具体可参考dplyr 包的强大之处）

image.png
此处省略一大堆代码进程后

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下载安装完成。接着得把这个包加载到Rstudio中，
加载命令library(包)或者require(包)

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若没有加载这一步，则会报错，例如

image.png
所以下载完一定要记得加载哦
然后几个常用的代码具体参考https://m.umu.cn/session/article/2f1vo7cc1
其中讲一两个自己瞎捣鼓的地方mutate是改变后并保留之前的东西，transmute是改变后删除原来的东西，我添加了一列新的数据new