PCA和进化树虽然也可以分析群体结构，但是一些细节的信息无法做出判断，这时候就需要单独的对群体结构进行一个解读了。
- 在做structure的时候，用全部的SNP做好，还是随机抽样5000SNP做好一些？
实际上你看structure软件说明，structure分析的时候最好是用非连锁标记，所以用全基因组用structure标记是有问题的。所以，应该随机抽样部分标记进行分析才是正确的。另外structure运算过程非常慢，如果用全部SNP分析需要算非常长时间。因为选择的SNP是独立的位点，所以需要先分析LD衰减值，在进行分析。
参考：
fastStructure
Structure Software
群体结构分析软件Structure了解和使用
Structure Harvester
我是structure酱，一个集美貌与智慧于一身的图形
群体结构分析之Structure 篇完整版
文献: Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study.
网友评论