1. 软件准备
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2. 使用TASSEL 软件进行基因填补
- 打开tassel 软件
java -jar /Users/chengkai/Documents/01_NMR/003GWAS/GWAShandbook/software/tassel_v5/sTASSEL.jar
-
导入数据用KNN填补（Impute -- LD KNNi Imputation）
填补前
填补后
-
命令行参数（用于服务器运行）
perl run_pipeline.pl -Xms512m -Xmx5g -importGuess test.vcf -LDKNNiImputationPlugin -highLDSSites 50 - knnTaxa 5 -maxLDDistance 100000000 -endPlugin -export test.imputed.vcf -exportType VCF
3. STRUCTURE与Admixture的使用方法
3.1 按第二等位基因频率(minor allele frequency，MAF)和缺失率(missing rate)过滤
# maf 0.05 第二等位基因大于0.05
# geno 0.1 基因缺失率大于0.1
# recode 转出和vcf 一样的文件
# 产生test.impute.maf0.05.int0.9.vcf文件
plink --vcf ../data/test.impute.vcf --maf 0.05 --geno 0.1 --recode vcf-iid --out test.impute.maf0.05.int0.9 --allow-extra-chr
-
less test.impute.maf0.05.int0.9.vcf
image.png
-
cat test.impute.maf0.05.int0.9.log
总共20000，筛出19819
3.2 依据LD对标记进行筛选
- 产生test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in和test.impute.maf0.05.int0.9.prune.out文件，in表示入选的标记，out表示被去除的标记，两个文件都只有 标记的ID
plink --vcf test.impute.maf0.05.int0.9.vcf --indep-pairwise 50 10 0.2 --out test.impute.maf0.05.int0.9 --allow-extra-chr
-
19819 删除了13569
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3.3 筛选结果的提取
plink --vcf test.impute.maf0.05.int0.9.vcf --make-bed --extract test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in --out test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in
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- 筛选后的数据可以转回vcf格式
plink --bfile test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in --recode vcf-iid --out test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in
3.4 将筛选后的基因型转换为structure格式和admixture数据格式
../software/plink -bfile test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in --recode structure --out test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in
../software/plink -bfile test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in --recode 12 --out test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in
- test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in.recode.strct_in为structure输入文件
-
test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in.ped为Admixture输入文件
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4 structure 软件使用
- mainparams 文件配置
#define OUTFILE struct/K2_result
#define INFILE test.impute.maf0.05.int0.9.prune.in.recode.strct_in
#define NUMINDS 300
#define NUMLOCI 6250
#define LABEL 1
#define POPDATA 1
#define POPFLAG 0
#define LOCDATA 0
#define PHENOTYPE 0
#define MARKERNAMES 1
#define MAPDISTANCES 1
#define ONEROWPERIND 1
#define PHASEINFO 0
#define PHASED 0
#define RECESSIVEALLELES 0
#define EXTRACOLS 0
#define MISSING 0
#define PLOIDY 2
#define MAXPOPS 2
#define BURNIN 50000
#define NUMREPS 500000
#define RANDOMIZE 0
#define SEED 15
#define NOADMIX 0
#define LINKAGE 0
#define USEPOPINFO 0
#define LOCPRIOR 0
#define INFERALPHA 1
#define ALPHA 1.0
#define POPALPHAS 0
#define UNIFPRIORALPHA 1
#define ALPHAMAX 10.0
#define ALPHAPROPSD 0.025
#define FREQSCORR 1
#define ONEFST 0
#define FPRIORMEAN 0.01
#define FPRIORSD 0.05
#define INFERLAMBDA 0
#define LAMBDA 1.0
#define COMPUTEPROB 1
#define PFROMPOPFLAGONLY 0
#define ANCESTDIST 0
#define STARTATPOPINFO 0
#define METROFREQ 10
#define UPDATEFREQ 1
image.png
../software/structure -m mainparams -e extraparams
-
1,2,3,4,5,6 每个k 重复5次找最优的k
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5. STRUCTURE与Admixture的结果整理
- 判断最优的K值
-
去网站找最优的K
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最好的点是k=2
# R 代码
devtools::install_github('royfrancis/pophelper')
library(pophelper)
setwd("/Users/chengkai/Documents/01_NMR/003GWAS/GWAShandbook/structure_data/")
file_list <- list.files(path = "structure_output/", full.names = T)
qlist <- readQ(file_list)
evannoMethodStructure(summariseQ(tabulateQ(qlist)), exportplot=T,writetable=T,na.rm=T, imgtype = "pdf")
image.png
image.png
file_list2 <- list.files("pop-both", pattern = "merge", full.names = T)
qlist2 <- readQ(file_list2)
##所有的K值结果画在一起
plotQ(qlist2[c(2:9,1)], sortind = "all", imgtype = "pdf", ordergrp = F, imgoutput = "join", width = 15, outputfilename = paste0("structure_barplot"), showindlab=F, indlabsize = 0.5, indlabheight = 0.1)
##画指定K值的结果
plotQMultiline(qlist2[9], imgtype = "pdf", sortind = "all", useindlab = T, width = 80, height = 15, indlabsize = 6, spl = 453)
image.png
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