linux环境下软件管理

1.软件管家——conda→minicoda（精华版）

conda家谱

2.软件下载

wget +<下载地址>
比如：

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安装

bash +<文件脚本文件>
比如：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

4.激活（！！！特别重要的部分）

source ~/.bashrc #固定用法，多用多练

tips:添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

现在可以愉快的使用conda了

conda list #查看conda软件列表
conda search <软件名> #搜索软件 eg：conda search fastqc
conda install <软件名>  #安装软件 -y自动安装
conda remove <软件名> #卸载软件

选修：conda分身术——conda environment

conda info --envs  #查看conda环境(前面带*的就是默认的)
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio02/biosoft/yes
rna-seq                  /home/bio02/biosoft/yes/envs/rna-seq

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda activate rna-seq #激活新的conda环境