H1组蛋白通过局部染色质紧密化控制表观遗传景观
H1 histones control the epigenetic landscape by local chromatin compaction | Nature
H1连接组蛋白是最丰富的染色质结合蛋白。体外研究表明，它们与染色质的结合决定了核小体间距，使核小体阵列能够折叠成更紧密的染色质结构。然而，h1在体内的作用不明显。在这里，我们表明，局部密度的 h1控制平衡抑制和活跃的染色质域通过促进基因组压缩。我们在造血细胞中产生了一个条件性的三重 h1基因敲除小鼠品系和耗尽 h1基因。T 细胞中 h1的缺失导致 t 细胞活化基因的去抑制，这是一个模拟正常 t 细胞活化的过程。通过比较正常 CD8 + t 细胞和去 H1 CD8 + t 细胞的染色质结构发现，h1介导的染色质紧密化主要发生在 h 1水平高于平均水平的基因组区域: 染色体构象捕获(Hi-C) b 区域和 Hi-C a 区域。H1化学计量学的降低导致 h3k27甲基化减少，h3k36甲基化增加，b 到 a 间隔转移和间隔间相互作用频率增加。在体外，h1促进 prc2介导的 h3k27甲基化和抑制 nsd2介导的 h3k36甲基化。机制上，h1通过促进染色质基质的物理压缩介导这些相反的作用。我们的结果建立 h1作为一个关键的调节基因沉默通过定位控制染色质紧密度，3D 基因组组织和表观遗传景观。
CscoreTool: fast Hi-C compartment analysis at high resolution
全基因组染色体构象捕获(Hi-C)揭示了真核生物的基因组可以被划分为 a 区和 b 区，具有独特的染色质和转录特征。目前基于主成分分析(PCA)的基于 Hi-C 数据的 a/b 室预测方法需要大量的 CPU 时间和内存。我们报告了一种方法的发展，CscoreTool，它能够快速和内存效率的确定 a/b 区间在高分辨率即使在数据集与低排序深度。
近年来，染色质构象捕获技术发展迅速，为基因组组织研究提供了前所未有的新视角。Hi-C 数据的分析是复杂的，计算量大，涉及多个任务，需要强有力的质量评估。这导致了几种处理 Hi-C 数据的工具和方法的发展。然而，现有的大多数工具并不涵盖分析的所有方面，只提供了很少的质量评估选择。此外，众多工具的可用性使得科学家们想知道如何最佳地使用这些工具和相关参数，以及如何解释和解决潜在的差异。最重要的是，调查人员需要确保参数和/或方法的细微变化不会影响他们研究的结论。
HiCRep: assessing the reproducibility of Hi-C data using a stratum-adjusted correlation coefficient
Hi-C 是研究全基因组染色质相互作用的一种强有力的技术。然而，现有的高分辨率数据重复性评价方法忽略了高分辨率数据的空间特征，如区域结构和距离依赖性等，容易产生误导结果。我们提出了 HiCRep，一个用于评估 Hi-C 数据可重复性的框架，系统地说明了这些特征。特别地，我们引入了一种新的相似性度量，即地层调整相关系数(SCC) ，用于量化高 c 相互作用矩阵之间的相似性。SCC 不仅提供了统计上可靠的重现性评价，而且还可用于量化 Hi-C 接触矩阵之间的差异，并确定所需分辨率的最佳排序深度。与现有的方法相比，这种方法在区分重复性的细微差别和描述细胞谱系的相互关系方面始终显示出更高的准确性。提出的度量方法易于解释和计算，使其非常适合于提供标准化的、可解释的、自动化的和可伸缩的质量控制。免费提供的 r 包 HiCRep 实现了我们的方法。
Decoding topologically associating domains with ultra-low resolution Hi-C data by graph structural entropy - PMC (nih.gov)
yinxc/structural-information-minimisation: Code of structural entropy minimisation for TAD identification of Hic matrix (github.com)
3D chromosomal landscapes in hematopoiesis and immunity - PMC (nih.gov)
表观遗传调控异常在血液系统恶性肿瘤的发病机制中起着重要作用，常常是染色质调节因子体细胞突变的结果。以前，这些突变主要被认为是通过激活或抑制染色质状态改变基因在两个维度的表达; 然而，过去十年的研究突出了基因组的三维组织在基因调控和疾病发病机理中的日益增加的影响。本文综述了3d 染色质组织的基本原理，3D 基因组的完整性如何决定免疫细胞的发育和恶性转化，以及3d 染色质改变的潜在基因驱动因子如何作为血液系统恶性肿瘤潜在的新的治疗靶点。
3D chromosomal landscapes in hematopoiesis and immunity - PMC (nih.gov)
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