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基于大豆泛基因组构建想法

基于大豆泛基因组构建想法

作者: 花生学生信 | 来源:发表于2023-03-28 10:36 被阅读0次

主要来自文献：

1、作者使用Hi-C辅助挂载大豆染色体，这个我没有做过，我有自己的方法。

2、对于着丝点的确定，作者查看了染色体上的重复区域分布，一个好的ideal。



3、构建一年生和多年生的泛基因组，分别构建5个多年生和26个一年生泛基因组，并随机挑选5个一年生和多年生比较，泛基因组构建的方法是对基因进行分类，
白菜的那篇用的是orthofinder，3k用的orthoMCL，

泛基因组构建

4、共线性分析：首先比对，identy>95%,cover>80%,指标可以借鉴，然后用MCScanX鉴定共线性。

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      本文标题：基于大豆泛基因组构建想法

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