vcf2maf的git地址为：

GitHub - mskcc/vcf2maf: Convert a VCF into a MAF, where each variant is annotated to only one of all possible gene isoforms

但是第一次跑这个软件的时候报错了，说他没有啥vep的数据
看来是依赖这个工具
然后我只能进一步装这个vep工具
但是！
这个工具是perl写的，需要配置很多perl的环境
我实在是没有配置出来，耗费很多时间
最后！
使用vep的docker!
vep的安装方法主要有三：
1 传统安装
详情见官网：https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#docker

image.png
简单来说就是把文件下载下来，然后运行INSTAL.pl
但是报错主要因为环境配置问题，以及运行的过程中会下载一些东西，网速问题
参考网址生信技能树：http://www.360doc.com/content/21/0714/12/76149697_986499871.shtml

conda安装
在vcf2maf的git中推荐了这种方法：https://github.com/mskcc/vcf2maf
安装的git：https://gist.github.com/ckandoth/61c65ba96b011f286220fa4832ad2bc0
但是不知道为啥我的conda默认安装89的，然后升级也不行，卸载也不行
所以我就放弃了

3.使用docker
在vep的docker环境下运行vcf2maf
在这个环境中需要安装vcf2maf以及conda，samtools
参考：https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#docker

首先pull镜像

docker pull ensemblorg/ensembl-vep

新建一个文件夹

mkdir /anypalce/.vep

因为vep需要配置文件，使用vep下载，但是很慢，数据大约有20多G，很难下载下来，推荐自己下载再上传到/.vep中
这里我使用的别人下载好的vep data

image.png

image.png
配置文件的下载参考：https://www.jianshu.com/p/66aa40bff960
下载的地址：http://ftp.ensembl.org/pub/
选中自己vep的版本，然后按照参考网址中的方法配置文件
官方给的下载配置文件的网址：
https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.html
配置文件主要是下载caches以及fasta

image.png

然后新建一个docker

docker run -it --net host -v mkdir /anypalce/.vep:/opt/vep/.vep ensemblorg/ensembl-vep /bin/bash
###--net host 参数 ----容器创建时共享主机的network namespace，即容器可以访问主机上所有的网络信息，这样容器内的网络配置就会和主机一模一样
### /bin/bash 可以获得一个shell的交互页面

这样我们就进入docker了
安装软件
安装vcf2maf参考：https://github.com/mskcc/vcf2maf

export VCF2MAF_URL=`curl -sL https://api.github.com/repos/mskcc/vcf2maf/releases | grep -m1 tarball_url | cut -d\" -f4`
curl -L -o mskcc-vcf2maf.tar.gz $VCF2MAF_URL; tar -zxf mskcc-vcf2maf.tar.gz; cd mskcc-vcf2maf-*
perl vcf2maf.pl --man
perl maf2maf.pl --man

安装conda参考conda管理生信软件一文就够 (qq.com)
利用conda安装samtools
利用conda安装bcftools
最后，可以在docker外面把vcf文件cp到/anypalce/.vep，这样就可以在docker中的/opt/vep/.vep 访问这个文件

然后就可以跑vcf2maf了
vcf2maf虽然只是推荐了input以及output参数，但是一定要用vcf2maf.pl --help查看参数，你会发现很多默认参数都是有问题的，会报错
例如

--vep-path       Folder containing variant_effect_predictor.pl [~/vep]
     --vep-data       VEP's base cache/plugin directory [~/.vep]
     --vep-forks      Number of forked processes to use when running VEP [4]
     --ref-fasta      Reference FASTA file [~/.vep/homo_sapiens/86_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.primary_assembly.fa.gz]

所以你需要检查ref_data的位置，vep的以及vep_data的位置等等。以及--ncbi-build默认是GRCh37，需要按需求修改

报错经验##注意：
还需要检查vep_data里面的数据的权限
使用chmod a+rwx添加文件夹以及所有文件的权限
这里的ref_data的fasta如果是压缩的文件，必须是bgzip压缩

参数详解：
参考: https://www.likecs.com/show-203709633.html