vep使用

作者: byejya | 来源:发表于2022-03-31 15:02 被阅读0次

vep -i homo_sapiens_GRCh38.vcf --cache --dir_cache ../../vep_database/GRCh38/vep -o 111

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输入文件：

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输出文件：

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实际上也支持其他输入文件格式：

https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#input

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VEP网页和本地版显示差异及如何获得最完整注释

网页版：

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本地版：

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发现在网页选择附加选项可以得到更多输出

对应的命令行参数在 https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/online/input.html#input

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vep使用
vep -i homo_sapiens_GRCh38.vcf --cache --dir_cache ../.....
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