发表杂志： Frontiers in Oncology
PMID: 34079761
m6A与免疫之间的存在着哪些爱恨纠葛？查阅m6A的生信文章发现，大部分是构建预后模型，是否存在不构建模型的。那必须存在呀
Abstract
作者收集了22个m6A调节的核心基因，将其与estimate方法计算的结果进行相关性分析，结合差异分析结果，选取ALKBH5和YTHDF1作为下一步研究对象。第一部分（GET Module）：根据这两个基因，分为2个亚型。第二部分（COMP Module）：随后针对亚型进行比较分析，GO分析、免疫分析（ESTIMATE、ssGSEA和Cibesort、immunomodulatory drug's targets）、somatic mutation、TMB、错配基因和POLE。第三部分（RUN Module）：亚型差异分析，WGCNA得到14个免疫相关基因（GO分析、PPI、相关性分析、ESTIMATE、免疫细胞相关性）。最后GSE38592模型验证。
整体路线
技术路线图
结果
1.免疫相关m6A-regulators和分子分型
计算immune Score和m6A regulators之间的相关性，并挑选正相关和负相关最大的ALKBH5和YTHDF1进行下一步的分子分型。
Fig.1
2.分型周边
2.1 分型与临床特征
Table 1
Table 2
2.2 GSEA+CIBERSORT+ssGSEA+ESTIMATE
Fig.2
2.3 免疫调节因子
image.png
2.4 基因突变+TMB+mismatch repair/PLOE
Fig.4
3.亚型核心基因
利用WGCNA计算与ESTIMATE最相关的核心基因，并进行富集分析，同时将hub gene与ESTIMATE和ssGSEA结果求相关性。
Fig.5
Fig.6
4.GEO数据集证实分型结果
Fig.7
5.临床样本验证
收集12对CRC临床样本，简单验证ALKBH5和YTHDF1的表达。
Fig.8
总结
生信分析，不一定非要构建预后模型，根据某些基因分成不同的亚型后，对亚型周边进行不同层面的分析，并结合临床样本验证，同样能收到意想不到的效果。
参考链接：
Potential Impact of ALKBH5 and YTHDF1 on Tumor Immunity in Colon Adenocarcinoma
网友评论