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2021-02-18用ggprism包标注P值

2021-02-18用ggprism包标注P值

作者: iColors | 来源:发表于2021-02-18 10:31 被阅读0次

    ggplot2标注P值的方法有很多种,大多比较繁琐,今天发现一种简便的!!!
    ggrism是ggplot2的扩展包,熟悉 GraphPad Prism小朋友应该知道,这个包是在R中实现 GraphPad Prism图形的包,可以改为Prism形式的坐标轴、颜色、填充等。
    这都不是重点,这里重点介绍一下它为ggplot图形添加P值的功能。

    加载包

    library(ggplot2)
    library(ggprism)
    library(patchwork)
    

    做一个P值的表

    df_p_val <- data.frame(
      group1 = "OJ",
      group2 = "VC",
      p.adj = 0.0606,
      y.position = 36
    )
    
    

    绘图

    p1 <- ggplot(ToothGrowth, aes(x = factor(supp), y = len)) + 
      geom_boxplot(aes(fill = factor(supp))) + 
      scale_fill_prism(palette = "candy_bright") + 
      theme_prism() + 
      theme(legend.position = "none")
    
    

    加P值

    p2 <- p1 + add_pvalue(df_p_val)
    p1 + p2
    
    image.png

    感觉简单易行,比添加segment的线好多了!
    (人太懒了,就得找懒办法)

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