这篇东东主要针对如何用命令行来运行AutoDock4.2, 包括单文件执行以及批量处理.
autogrid 和格点文件
autogrid
autogrid -p macro.gpf [-l macro.glg]
-
-p指定参数文件, 可以由ADT生成, 也可以由MGLTools工具脚本prepare_gpf4.py生成 -
-l指定记录文件(屏幕输出). 不指定就输出到屏幕.
生成了一堆map文件, 如文件名.N.map, 默认好像有C, HD, N, OA, 除此以外还有d (desolvation)和e(electrostatic)的map文件. map文件里储存了一些相关信息以及格点的能量.
除此以外还会生成 .fld 文件和 .xyz 文件, 前者是field file, 主要是一些生成map的参数; 后者储存的起始是盒子的xyz的范围 (中心+grid大小*格点数/2)
prepare_gpf4.py
安装了MGLTools后, 将prepare_gpf4.py等脚本加入到执行搜索路径即可执行.
prepare_gpf4.py -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt
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