Autodock4.2使用

这篇东东主要针对如何用命令行来运行AutoDock4.2, 包括单文件执行以及批量处理.

autogrid 和格点文件

autogrid

autogrid -p macro.gpf [-l macro.glg]

• -p 指定参数文件, 可以由ADT生成, 也可以由MGLTools工具脚本prepare_gpf4.py生成
• -l 指定记录文件(屏幕输出). 不指定就输出到屏幕.

生成了一堆map文件, 如文件名.N.map, 默认好像有C, HD, N, OA, 除此以外还有d (desolvation)和e(electrostatic)的map文件. map文件里储存了一些相关信息以及格点的能量.

除此以外还会生成 .fld 文件和 .xyz 文件, 前者是field file, 主要是一些生成map的参数; 后者储存的起始是盒子的xyz的范围 (中心+grid大小*格点数/2)

prepare_gpf4.py

安装了MGLTools后, 将prepare_gpf4.py等脚本加入到执行搜索路径即可执行.

prepare_gpf4.py -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt