生物信息分析常用文件格式和软件
文件格式
数据格式
- fastq
- fasta
注释
- gtf
- gff
- bed
- bcf
比对格式
- sam
- bam
工具类
数据质控类
- cutadapt
- fastp
- trimmomatic
- fastx-toolkit
序列处理类
- seqkit
- seqtk
工具类
- samtools
- bedtools
- bedops
- bcftools
- pysam
- gffutils
比对软件
- bwa
- bowtie
- bowtie2
- tophat
- hisat2
扩增子测序分析
- usearch
- vsearch
- mothur
- qiime1/2
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