前言
从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，网上介绍的下载SRA数据方法也是各种各样，到底哪一种更好，关键在于哪种更适合你自己。下面我就跟大家分享一下，目前适合我的几种下载方式（没错，排在第一的是迅雷...）。
方法
1）信息检索
在 NCBI 网站SRA 数据库中搜索：项目ID（PRJ开头）、 Run ID（PRR开头），点击send to，发送搜索结果信息到： Run Selector
fig1.png
2）选择数据
勾选要下载的数据，点击： Accession List
fig2.png
3）获取地址
根据下载得到的SRR_Acc_List.txt 获取你所需要的下载地址或者命令：
（1）迅雷下载
$ perl -ne 'chomp;print "http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$1/$1$2/$_/$_.sra \n" if(/^(\w{3})(\d{3})/); ' SRR_Acc_List.txt > download_urls.txt
$ cat download_urls.txt
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389352/SRR4389352.sra
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389122/SRR4389122.sra
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4388699/SRR4388699.sra
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090164/SRR2090164.sra
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090165/SRR2090165.sra
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090166/SRR2090166.sra
（2）wget 下载
$ perl -ne 'chomp;print "wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$1/$1$2/$_/$_.sra \n" if(/^(\w{3})(\d{3})/); ' SRR_Acc_List.txt > wget.sh
$ cat wget.sh
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389352/SRR4389352.sra
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389122/SRR4389122.sra
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4388699/SRR4388699.sra
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090164/SRR2090164.sra
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090165/SRR2090165.sra
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090166/SRR2090166.sra
（3）ascp 下载
$ perl -ne 'chomp;print "ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$1/$1$2/$_/$_.sra .\n" if(/^(\w{3})(\d{3})/); ' SRR_Acc_List.txt > ascp.sh
$ cat ascp.sh
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389352/SRR4389352.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389122/SRR4389122.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4388699/SRR4388699.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090164/SRR2090164.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090165/SRR2090165.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090166/SRR2090166.sra .
(未完待续...)
结语
下载SRA数据对于生信人来说，是一个很基础的技能，之所以写出来，是为了记录整理，也是为了分享，欢迎补充~
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dulunar ： NCBI-SRA和EBI-ENA数据库
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