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2023-11-17 STAR报错Segmentation fa

2023-11-17 STAR报错Segmentation fa

作者: jiarf | 来源:发表于2023-11-16 12:11 被阅读0次

    运行STAR比对的时候一直报错

    star.sh: line 1: 95538 Segmentation fault  (core dumped) STAR --runThreadN 5 --genomeDir /nas01/jiarongf/Homo_sapiens/data/GSE150137/ERV_STAR/STAR_index/ --readFilesIn ../HGPS_Fibroblast_1_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_2_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_3_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_4_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_5_fastp.fq.gz ../HGPS_Fibroblast_6_fastp.fq.gz ../WT_Fibroblast_1.fastq.gz ../WT_Fibroblast_2.fastq.gz ../WT_Fibroblast_3.fastq.gz --sjdbGTFfile /nas01/Genome/fasta_gtf/Homo_sapiens.GRCh38.84.gtf --sjdbOverhang 50 --outFileNamePrefix STAR_150137 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --readFilesCommand gunzip -c --outFilterType BySJout --winAnchorMultimapNmax 100 --outFilterMultimapNmax 100 --outFilterMismatchNoverLmax 0.04 --outTmpDir /nas01/jiarongf/Homo_sapiens/data/GSE150137/ERV_STAR/STARtmp/
    

    是因为同时跑了多个fq文件,STAR每次只能跑一个fq,如果是单端就是in一个fq文件,如果是双端就是同一个fq的1和2。同时跑多个文件的时候可以循环跑

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