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开放问题:如何从OrthoFinder2的Single_Copy

开放问题:如何从OrthoFinder2的Single_Copy

作者: SnorkelingFan凡潜 | 来源:发表于2023-07-11 16:01 被阅读0次

    已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”

    ll Orthogroups
    -rw-r--r-- 1  552K Jul 11 01:15 Orthogroups.GeneCount.tsv
    -rw-r--r-- 1   36K Jul 11 01:15 Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt
    -rw-r--r-- 1  8.1M Jul 11 01:15 Orthogroups.tsv
    -rw-r--r-- 1 9.3M Jul 11 01:15 Orthogroups.txt
    -rw-r--r-- 1  1.6M Jul 11 01:15 Orthogroups_UnassignedGenes.tsv
    
    #随后整理
    #https://www.biostars.org/p/323537/
    grep -Fwf SingleCopyOrthogroups.txt Orthogroups.txt > SingleCopyOrthologsGeneIDS.txt
    
    #https://www.biostars.org/p/274269/
    
    再进行提取ID
     i=$(cat Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt | xargs )
     for j in $i; do grep "$j" SingleCopyOrthologsGeneIDS.txt | awk '{for (i=2; i<=NF; i++) print $i}'> $j.txt; done;
    

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