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RNA编辑作为一种重要的转录后调控机制,是转录组研究中的热点。在不同类型的RNA编辑中,A->I的RNA编辑是最常见的,有许多的软件可以用于识别这种类型的RNA编辑。
RADAR数据库收集整理了human, mouse, fly等多个物种的RNA编辑位点的证据,并进行了手工注释,提供了基于web页面的查询方式,网址如下
http://rnaedit.com/
通过官网的查询功能,可以方便的进行检索,示意图如下
选择对应的物种,然后提供了多种检索条件,可以按照染色体位置查询,也可以直接查询某个基因相关RNA编辑位点。
在该数据库中,对于RNA编辑位点所在的位置,提供了以下两种注释。
第一种是基因组特征区域,比如5’UTR, 3’UTR等,第二种是重复元件的注释,大量研究发现RNA编辑位点在Alu重复序列中广泛存在,而RADAR根据RNA编辑位点所在重复区域的特征,划分成了Alu重复序列,非Alu重复序列,非重复序列3个特征区域。
同时也提供了RNA编辑位点在物种间的保守性,比如查询human和mouse两个物种间保守的RNA编辑位点。
以human AHR基因为例,查询结果示意如下
点击Position
对应的链接,可以跳转到UCSC基因组浏览器,具体的查看某个RNA编辑位点,Reference
给出了对应的文献,而Editing levels
则给出了不同组织中RNA编辑位点的表达量,示意如下
有助于研究RNA编辑位点的组织特异性。该数据库提供了下载功能,示意如下
可以直接下载不同物种的RNA编辑位点数据,对于human,还可以单独下载某种重复序列区域的RNA编辑位点。
·end·
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