环状RNA(circRNA)是由单链RNA形成的闭合环状，富含microRNA（miRNA）结合位点，在细胞中起到miRNA海绵的作用。通过与疾病关联的miRNA相互作用进而影响疾病的发生，CircRNAs是癌症诊断领域的重要分子，越来越多的证据表明它们与癌症病理特征密切相关。因此，circRNA作为新型癌症生物标志物具有很高的临床应用潜力。
由香港中文大学（深圳）黄宪达教授团队负责开发和维护的CircNet（2.0版）在1.0版本的基础上再升级，新增了来自circAtlas和MiOncoCirc的circRNA，以及来自癌症基因组图谱数据库的新型circRNA。CircNet不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，该数据库可访问地址：https://awi.cuhk.edu.cn/~CircNet.
与1.0版本相比，CircNet 2.0数据库做了以下几大改进：
1、重新整合了来自circAtlas和MiOncoCirc数据库的circRNA，以及来自从癌症基因组图谱(TCGA）数据库的新circRNA；
2、升级算法，使用三种工具（PITA、miRanda 和 TargetScan）预测全长 circRNA 序列的靶点miRNA；
3、数据更准确，整合了来自miRTarBase数据库的384,897个经实验验证的miRNA-靶基因相互作用数据；
4、数据更全面，新版增加了2,268 个癌症样本数据；
5、功能更丰富，增加了基因组注释和表达谱等信息，还提供了疾病富集分析工具。
图1 CircNet 2.0工作原理
图2 CircNet 2.0数据库新增亮点
用户界面也更加友好，用户可以单击可视化网络的任何节点进行放大浏览。由于缺乏通用的circRNA 命名规则，CircNet 2.0还提供了BLAST搜索，允许用户通过序列相似性将潜在的circRNA与数据库中的数据进行匹配。此外，CircNet 2.0允许用户通过搜索具有显著表达的癌症相关circRNA进行癌症特异性分析。
图3 CircNet 2.0用户界面
总之，CircNet 2.0数据库提供circRNA注释和circRNA-miRNA-基因调控网络。研究人员可以在此平台上获取有关circRNA相关生物过程的信息，探索与肿瘤和其他疾病的发病机制、诊断和治疗相关的新型癌症生物标志物和circRNA。
参考文献
CircNet 2.0: an updated database for exploring circular RNA regulatory networks in cancers. Nucleic Acids Research, 2021.
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