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学习小组Day3笔记--林枫

学习小组Day3笔记--林枫

作者: 致年 | 来源:发表于2019-05-22 23:03 被阅读0次

检查有没有bzip2

输入bzip2,检查
  安装:yum install -y bzip2

下载miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活miniconda

source ~/.bashrc

添加镜像

  1.# conda config --remove-key channels
  2.conda config --add channels r
  3.conda config --add channels conda-forge
  4.conda config --add channels bioconda
  5.conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list(所有软件列表)
conda search fastqc(搜索软件)
conda install fastqc -y(安装软件)
conda remove fastqc -y(卸载软件)

环境 conda

查看当前conda有哪些环境

  conda info --envs
#建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

查看conda环境

  conda info --envs

激活新的conda环境

  conda activate rna-seq

卸载一个环境中的软件

  ###要卸载环境中的全部软件,也就是卸载整个环境卸载环境的时候,需要先退出当前环境再删除
    conda deactivate
  #卸载环境中的软件
    conda remove -n rna-seq fastqc -y
#  卸载环境
    conda remove  -n rna-seq --all

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