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学习小组Day3笔记--林枫

学习小组Day3笔记--林枫

作者: 致年 | 来源:发表于2019-05-22 23:03 被阅读0次

    检查有没有bzip2

    输入bzip2,检查
      安装:yum install -y bzip2
    

    下载miniconda

    wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    

    安装miniconda

    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    

    激活miniconda

    source ~/.bashrc
    

    添加镜像

      1.# conda config --remove-key channels
      2.conda config --add channels r
      3.conda config --add channels conda-forge
      4.conda config --add channels bioconda
      5.conda config --set show_channel_urls yes
    

    使用conda

    conda list(所有软件列表)
    conda search fastqc(搜索软件)
    conda install fastqc -y(安装软件)
    conda remove fastqc -y(卸载软件)
    

    环境 conda

    查看当前conda有哪些环境

      conda info --envs
    #建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
      conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    

    查看conda环境

      conda info --envs
    

    激活新的conda环境

      conda activate rna-seq
    

    卸载一个环境中的软件

      ###要卸载环境中的全部软件,也就是卸载整个环境卸载环境的时候,需要先退出当前环境再删除
        conda deactivate
      #卸载环境中的软件
        conda remove -n rna-seq fastqc -y
    #  卸载环境
        conda remove  -n rna-seq --all
    

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