查找最长转录组本ID

在SPDE中，查找最长转录本是用来为转录组服务的。在转录组测序完成后，测序结果中往往会有本次测序的基因序列。正基于此，将fasta格式的序列文件放入①，在保存位置②设定保存位置，然后单击按钮即可实现对fasta文件中各基因最长转录本的查找

查找最长转录本

结果如下图所示：

最长转录本ID

在得到ID后，就可以根据ID从序列中提取最长转录本的序列了。

这里需要稍微补充一句，该功能是针对转录组序列的，或者是不同序列是通过 ".1"、".2"等以及"_1"、"_2"等进行区分的（序列ID的结尾是以它们结尾的），这个时候该功能可以发挥作用。如下例子所示：

序列命名

这应该是转录组序列文件命名的基本规则。除去这两种方式，如果同学们确实需要对你文件的不同转录本进行判断，这个时候似乎并没有什么太好的办法，可以考虑使用本地blast的相应功能，SPDE的界面如下：

本地blast界面

其基本使用在该专题的其他文章中已有提到。在blast结束后，可以通过比较相似序列的比对情况来判断是否是同一个基因的不同转录本。同一个基因的不同转录本间的序列是极为相似的，甚至短的那个可能只是长的那个的一部分，从而再找出最长转录本。