利用NetworkAnalyst进行可视化分析

前面已经介绍过NetworkAnalyst在线分析工具，今天继续不厌其烦的再唠叨它，今日主题是利用NetworkAnalyst进行可视化分析。

第一次介绍NetworkAnalyst在线分析工具时，我们说过其有五个功能模块，它的分析overview中包含两块，“Network Mapping”和“Visual Analytics”。在此，我们今天就谈一谈“Visual Analytics”，如何利用NetworkAnalyst绘制火山图和热图。

第一步：选择我们的“example data”，这里我们选择“Estrogen”。依旧按照前文我们介绍过的，上传相应数据，然后质检。再“proceed”。

第二步：看质检结果，观察有无进行归一化处理。我们发现我们示例数据已经经过log2处理，就继续“proceed”吧。如果没有经过log2归一化处理，则需要在“normalization”中选择log 2 transformation。

然后点击“submit”，这里你可以进一步观察你的数据有无归一化。继续选择“proceed”，然后你可以选择筛选条件，这里我们选择p<0.05，log2FC为2。这里可以看到我们这里存在差异基因2134个。继续“proceed”，接下来我们要到我们这节重点，可视化分析。

选择“visual analytics”，可以选择火山图和热图。差异基因热图选择“ORA Heatmaps”，全局分析热图选择“GSEA Heatmaps”。这次我们选择“ORA Heatmaps”。

点击“proceed”，跳出来热图，上面工具栏可以选择分辨率，颜色，边框及聚类基因（建议选择adjusted P value）,聚类样本（一般不选择）等。左侧热图是所有基因热图概览。中间区域为焦点视图，右侧则是富集分析。

同样回到“analysis overview”,选择火山图按钮。我们在这个界面下载svg格式火山图

鼠标移动到相应的点，左下角可以观察相应基因的信息。

好了，今天就对NetworkAnalyst在线工具进行差异基因可视化分析描述，谢谢观看。