肠道中的细菌获取环境信息后会作出何种反应反应依然有大量不解之谜，不过植物乳酸杆菌的益处已得到了大量肯定。与之相对的动物发酵食品情况就更加复杂一些。比如用牛奶制成的干酪，其品质与很多因素都有关联。奶牛如果在挤奶工心平气和的工作状态中也会变得很安静挤奶期间会减少排泄，这样挤出来的牛奶会更洁净。但事实上有些有机鲜奶奶酪正是因为在制作过程中并不那么干净，所以得到的鲜奶里有各种细菌，反而让奶酪的口感更加饱满，美味。
牛奶因为富含糖分和蛋白质是细菌滋生的理想环境，成为19世纪传播肺结核和伤寒的一大途径。后来人们发明了巴斯消毒法：把牛奶加热到63度后持续30分钟或加热到72度持续16秒就可以杀死细菌。1908年起芝加哥开始规定牛奶必须消毒，接受巴氏消毒的环节成为了食品安全的重要组成部分。这个方法的确挽救了很多人的生命，但有时候一些奶酪制造商为了应对食品药品管理局的突击检查，也不得不倒掉许多新鲜牛奶。
现在有很多反对意见说这个消毒方法并不能完全保证食物的安全，还是有一部分人使用了经过消毒的奶酪或者奶制品患病。而当年是因为牛奶在储存和运输过程中无法冷藏，在储存和运输过程中无法冷藏人们不得不把奶牛运到城市挤奶，这些被关在阴暗地下室奶牛吃的是啤酒厂的废料，许多挤奶工是患有传染病的穷人，所以才会造成严重的污染。而今天大多数的养殖场已经有了规范的生产路径，基本可以保证牛奶的安全。
人们可能应该用更加容忍的方式对待卫生物，而不是靠着科学技术的手段强行制止细菌的产生。使用巴士消毒的过程中，有益细菌会遭到破坏，事实上有些地区的儿童喝未消毒过的牛奶，反而更加健康他们得过敏或者哮喘的比例要低的多。牛奶和奶酪中都存在着复杂的微生物生态系统，一定程度上具有自我保护和自我管理的能力。
有一些古老的奶酪做法已经传承了几百年，那些制作过程中都使用了未消毒的牛奶。而且制作工具中有很多天然的木材，坑坑洼洼的表面是细菌理想的藏身地。但是在制作过程中，许多有益的细菌会释放出酸把有害细菌赶出去，最后得到理想的结果。虽然很多鲜奶奶酪制作者常常会面对质疑，但是他们依然相信人体的自愈能力需要有更多的鲜活的食物去激发。
虽然他们中许多人的方法游离于主流方法之外，也不能代表当代奶酪的制作方法。但是这些鲜奶奶酪有着各地的特有风味，并且可以保持食物的多样性。由于每次成品还会受到气候和土壤的影响，也带来了更多的变化和新鲜感。在制作过程中会让人更加敬畏自然，更加系统地思考。
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