刚刚知道,Seurat里面DimPlot、FeaturePlot的图都可以用ggplot来实现的,之前也一直没有好好研究过相关代码。
画出来的图与Seurat自带的画图程序大小、点位均一致。代码参考如下:
library(ggraph)
library(ggplot2)
ggplot(data.frame(treg@meta.data, treg@reductions$umap@cell.embeddings), aes(UMAP_1, UMAP_2, color=aucCat)) +
geom_point(size=1.5) + scale_color_viridis(option="H")+
theme_light(base_size = 15)+labs(title = "Catabolic")+
theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"))+theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
这是需要画连续分布数值点图的方法,类似于FeaturePlot,但是数字换成了自己计算的数据结果。其中,color参数填写需要用来画图的列名;scale_color_viridis可以调颜色分布模式,A-H均可选;其他都是常规ggplot2操作。根据需求调整参数即可。
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