目的：探讨外泌体长链非编码rna(lncRNAs)在早期食管鳞状细胞癌(ESCC)和良性食管炎中的作用；外泌体lncrna使用RNA-seq进行分析，并通过实时荧光定量PCR、功能缺失、共培养和RNA下拉分析进行验证；外泌体lncRNA比mRNA具有更紧密的组织特异性、更高的表达水平和更低的剪接效率。
文章信息
- 文献标题：RNA sequencing of exosomes revealed differentially expressed long noncoding RNAs in early-stage esophageal squamous cell carcinoma and benign esophagitis
- Doi：10.2217/epi-2019-0371
- 发表时间：Published online: 11 February 2020 Epigenomics (Epub ahead of print)
- 通讯作者：Rihong Zhai 广东省公共卫生学院基因组稳定与疾病预防重点实验室，卡森癌症中心，深圳大学健康科学中心
数据情况
- 早期(病理I-II期)ESCC患者（=6）、食管炎病例（食管6）和食管正常的受试者（=6）
- 血浆外泌体
- 过滤：gene > 5（cpm）
- FPKM >1 was used as a value of cut-off limit for lncRNA and mRNA detection across all samples
- GEO：GSE104926
血浆外泌体鉴定
- 透射电镜检查显示，外泌体颗粒具有双层膜
- 纳米颗粒跟踪系统分析表明，大部分粒径在30~140nm之间
- 流式细胞术分析显示，所有外泌体表面生物标志物(CD63和CD81)的阳性率分别为>80%
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外泌体lncrna和mrna的鉴定
- 血浆外泌体的rna序列平均每个样本产生88.3M个reads(rRNA耗尽)
- 所有样品的clean数据的Q20和Q30分别为>98和>95%
- 平均而言，我们检测到15132、17624和18147个mrna；在对照组、食管炎和ESCC的外泌体中分别有8421、7442和8347个lncrna的表达
外泌体lncrna和mrna表达的特征
- 超过80%的外泌体lncrna位于基因间区域；其中12-15%位于内含子区，约2%位于外显子区
- 外泌体lncrna片段对转录体几乎没有偏倚
- 外泌体lncRNA的表达密度和分布以及累积reads的分布存在样本间差异
- lncrna中的中位表达水平(FPKM)显著高于mrna
- 在对照体、食管炎和ESCC中，外泌体lncrna的食管特异性转录率显著高于mrna
- 此外，外泌体lncrna的中位剪接效率（∼50%）低于外泌体mrna(∼90%；图2C)
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数据详情：
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比对率，但是有点奇怪，跟上面的样本的数据量对不上
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表达量：
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比对区间类型：
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