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jcvi的安装方式请参考网络上的教程

数据准备：
1.cds序列（1.cds、2.cds、3.cds）
2.gff3文件（1.gff3、2.gff3、3.gff3）

参考脚本

#将gff文件转为bed文件
python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name 1.gff3 -o 1.bed
python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name 2.gff3 -o 2.bed
python3 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name 3.gff3 -o 3.bed

#共线性模块鉴定
python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog 1 2 --no_strip_names #1和2
python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog 3 2 --no_strip_names #3和2

可视化

#点图
python3 -m jcvi.graphics.dotplot -o 1.2.anchors.pdf 1.2.anchors
python3 -m jcvi.graphics.dotplot -o 3.2.anchors.pdf 3.2.anchors

共线性图

除了我们已经拥有的 BED 文件和synteny文件之外，我们还需要准备两个额外的文件
首先是seqids文件，它告诉软件要包含哪组染色体。

#seqids
LG1,LG2,LG3,LG4,LG5,LG6,LG7,LG8,LG9,LG10,LG11,LG12,LG13,LG14,LG15,LG16
chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19

其次是layout文件，它告诉软件怎么绘制图形。整个画布在 x 轴上为 0-1，在 y 轴上为 0-1。首先，前三列指定轨道的位置，然后是否旋转，指定颜色，标签，垂直对齐，基因组BED文件。

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .6,     .1,    .8,       0,      ,1, top, 1.bed
 .4,     .1,    .8,       0,      ,2, top, 2.bed
# edges
e, 0, 1, 1.2.anchors.simple

最后，此命令生成一个更简洁的文件

python3 -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple 1.2.anchors 1.2.anchors.new
python3 -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple 3.2.anchors 3.2.anchors.new

两个物种绘图

python3 -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout

三个物种绘图

首先修改seqids3和layout3文件

#seqids3
LG1,LG2,LG3,LG4,LG5,LG6,LG7,LG8,LG9,LG10,LG11,LG12,LG13,LG14,LG15,LG16
chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19
ch00,ch01,ch02,ch03,ch04,ch05,ch06,ch07,ch08,ch09,ch10,ch11,ch12

#layout3
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .7,     .1,    .8,     0,      , Sesame, top, 1.bed
 .5,     .1,    .8,     0,      , Grape, top, 2.bed
 .3,     .1,    .8,     0,      , Tomato, bottom, 3.bed
# edges
e, 0, 1, 1.2.anchors.simple
e, 1, 2, 3.2.anchors.simple

python3 -m jcvi.graphics.karyotype seqids3 layout3