circRNA数据库汇总并做人大小鼠同源分析（提供数据）

    这两年做circRNA研究的老师很多。做了RNAseq之后找到差异表达表达的circRNA，进行后续研究会发现一列问题。咱们老师找公司做了circRNAseq分析，拿到数据做后续研究时会发现一系列的问题，比如

    1）给出的circRNA编号是自己命名的，没有与常见数据库如circbase ID的对应关系，不知道该circRNA对应到数据库的哪些信息，不好查找序列，染色体，外显子等信息。

    2）即便是老师手动对应到了circbase ID，会发现circbase ID使用的基因组版本是hg19,mm9，不是最新版的hg38,mm10，导致坐标混乱。

    3）circbase等数据库更新缓慢，数量严重不全面，找不到老师关注的信息；

    4）通过小鼠鉴定的circRNA,对应不到人上去，不知道同源circRNA的对应关系；同理，做了人的，对应不到小鼠上面。

我们今天解决一下这几个问题。我们对6个收录circRNA的数据库进行整理，数据库信息在后面。

    1. 对数据库进行汇总，最常用的circbase数据库收录人的circRNA信息，136973条，我们整理后人circRNA数量达到835784，数量增至6倍；circbase小鼠circRNA信息16410条，我们整理后人circRNA数量达到270423，数量增至15倍；circbase无大鼠circRNA信息，现在收录100473条。

    2. 我们给出对应各个数据库circRNA ID，及收集数据库提供的序列信息。

    3. 对人-小鼠，人-大鼠同源circRNA进行转换，并给出对应关系，其中人-小鼠30358对，人-大鼠7275对。

咱们老师拿到数据后，可以根据视频提到的方法查找circRNA及对应关系。

视频教程：

circRNA人大小鼠同源转换数据分析

超高清版本视频在复制链接到B站观看：https://www.bilibili.com/video/BV1R5411W7a7/

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以下是6个使用的数据库信息

1   circbase

网址：http://www.circbase.org/

circbase数据库中包含多个真核生物细胞circRNA的表达谱数据，可以下载公共的circRNA数据集，以及核糖体RNA-seq数据鉴定circRNA的python脚本。

2 circAtlas

网址：http://159.226.67.237:8080/new/index.php

circAtlas 2.0整合了来自6个物种（人类、猕猴、小鼠、大鼠、猪、鸡）和多种组织中的数百万个circRNA。

3    CIRCpedia

网址：https://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

CIRCpedia v2是一个更新的综合数据库，包含来自6个不同物种的180多个数据集的circRNA注释。可以下载在各种细胞类型/组织（包括疾病样本）中circRNA的表达谱。此外，还包含了人类和老鼠之间的circRNAs的保守性分析和用于比较样本之间circRNA表达量的工具。

4    circRNADB

网址：http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/circrnadb/circRNADb.php

circRNADb 1.0，是一个人类circRNA的综合数据库，包含32914个带注释的外显子circRNA，对于大规模研究circRNA，特别是对人类的研究，可能是一个有价值的资源。

5    exorbase

网址：http://www.exorbase.org/

exoRBase是一个包含从人类血液外泌体的RNA-seq数据中鉴定到的circRNA、lncRNA和mRNA的数据库。基于正常个体和不同疾病患者的RNA-seq数据和表达谱可视化。exoRBase将有助于研究人员识别血液外泌体中的分子特征，并发现新的生物标记物和对人类疾病的功能解释。

6    TSCD

网址：http://gb.whu.edu.cn/TSCD/

TSCD数据库的建立旨在提供人类和小鼠主要组织中组织特异性circRNA的表达谱，并有助于发现器官和发育疾病相关的新的生物标记物。

    以上就是6种常见的circRNA数据库，其中的数据可以大大帮助老师们研究circRNA的相关机制。然而，每种数据库中又有不同的编号，这使得老师查询感兴趣的circRNA变得麻烦。在这里，生因生物为各位老师整理了这6种circRNA数据库中人、小鼠和大鼠的circRNA，并进行了物种间的同源circRNA对应。