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查看BAM/SAM格式文件

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作者: dashan1928 | 来源:发表于2021-09-22 15:16 被阅读0次

    samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐Group] <in.bam>|<in.sam>

        -b 以BAM格式输出,可以用于samtools的后续分析

        -u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用

        -h 在结果中包含头header

        -H 只输出开头

    samtools view -h 文件名 | less -S

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