硬过滤其实就是通过人为设定一个或者若干个指标阈值（也可以叫数据特征值），然后把所有不满足阈值的变异位点采用一刀切掉的方法。

可以直接使用GATK VQSR所用的指标——毕竟这些指标都是经过精挑细选的。

QualByDepth（QD）

FisherStrand (FS)

StrandOddsRatio (SOR)

RMSMappingQuality (MQ)

MappingQualityRankSumTest (MQRankSum)

ReadPosRankSumTest (ReadPosRankSum)

snp indel 硬过滤

合并snp indel 过滤文件
time $gatk MergeVcfs \

     -I out/${sample}.HC.snp.filter.vcf.gz out/${sample}.HC.indel.filter.vcf.gz \

     -O out/${sample}.HC.filter.vcf.gz

符合filter-expression会被过滤掉，留下的视为正常变异。

https://www.jianshu.com/p/ff8204ae7ebf

所以，上面的阈值都是NA12878（来自GIAB）的高深度数据得到的。如果是其他物种，可以用类似方法找。

还有snpEFF注释和IGV可视化等。