MRtrix 分析DWI教程（二）预处理

MRtrix 命令一般的格式：[命令] [输入] [输出] [-选项] [选项的输入/输出]

1.去噪

使用 MRtrix 的 dwidenoise命令对数据进行去噪，需要一个输入和一个输出参数，还可以选择使用 -noise 选项输出噪声图。

dwidenoise dwi.mif den.mif -noise noise.mif 

可以通过计算残差来检查图片质量，如果残差中能看出脑的结构，说明存在伪影或者失真(正常应该是均匀模糊的噪声)。计算残差：

mrcalc dwi.mif den.mif -subtract residual.mif

mrdegibbs 可以去掉Gibbs伪影，Gibbs伪影在 b 值为 0 的图像中最显眼，如果图像里看不出来就忽略这一步。

mrdegibbs den.mif den_unr.mif

2. 失真校正

许多数据集由两个独立的成像文件组成：一个以主相位编码方向采集，一个以反向相位编码方向采集。主相位编码方向用于获取不同 b 值的扩散图像。反相编码文件用于校正主相编码文件中存在的失真。

MRtrix3中提供了一个与相关FSL工具接口的脚本dwifslpreproc。

dwifslpreproc <Input DWI series> <Output corrected DWI series> [options]

3. 生成 Mask

通常需要一个 mask 来确定只包括脑的部分。

生成 mask 前可以利用 dwibiascorrect 来消除数据中的偏差，但是效果不一定好。

生成 mask：

dwi2mask dwi.mif mask.mif

mask