Day3-李晓芳

作者: 李晓芳lxf | 来源:发表于2020-05-20 22:12 被阅读0次

1.miniconda的下载

(1)下载地址
(2)下载命令:wget 链接地址
注:name -a 命令查看服务器配置(多少位)

2.miniconda的安装、配置

(1)安装命令:bash 安装文件名
回车、yes...
thank u installing ...表示安装成功
(2)激活命令:source ~/.bashrc
conda
满屏信息表示成功
(3)复制、黏贴、回车以下4行命令:conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.miniconda的使用(eg.fastqc)

(1)查看当前所有软件列表 conda list
(2)搜索软件 conda search fastqc
(3)安装软件conda install fastqc -y,注:-y表示自动安装
(4)卸载软件conda remove fastqc -y。

4.conda环境

(1)查看当前有哪些环境:conda info --envs
(2)创建rs环境并下载以下3个指定版本的软件:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y


image.png

(3)激活rs环境:conda activate rna-seq,*默认修改到rs下了,表示成功。

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