Day3-李晓芳

作者: 李晓芳lxf | 来源:发表于2020-05-20 22:12 被阅读0次

    1.miniconda的下载

    (1)下载地址
    (2)下载命令:wget 链接地址
    注:name -a 命令查看服务器配置(多少位)

    2.miniconda的安装、配置

    (1)安装命令:bash 安装文件名
    回车、yes...
    thank u installing ...表示安装成功
    (2)激活命令:source ~/.bashrc
    conda
    满屏信息表示成功
    (3)复制、黏贴、回车以下4行命令:conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes

    3.miniconda的使用(eg.fastqc)

    (1)查看当前所有软件列表 conda list
    (2)搜索软件 conda search fastqc
    (3)安装软件conda install fastqc -y,注:-y表示自动安装
    (4)卸载软件conda remove fastqc -y。

    4.conda环境

    (1)查看当前有哪些环境:conda info --envs
    (2)创建rs环境并下载以下3个指定版本的软件:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y


    image.png

    (3)激活rs环境:conda activate rna-seq,*默认修改到rs下了,表示成功。

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