长链非编码rna(lncRNAs)已经成为多种生物过程和疾病的关键调控因子。虽然高通量测序使lncRNA的发现成为可能,但功能表征仍然有限。EVLncRNAs数据库是第一个也是唯一的存储库,包含来自不同物种的所有经过实验验证的功能性lncRNAs。
继2018年EVLncRNAs-V1.0和2021年EVLncRNAs-V2.0的版本之后,这次更新标志着从2020年5月15日至2023年5月15日对近25 000份出版物的重大扩展:
- 它包含了所有类别lncRNA数量的实质性增长:功能性lncRNA增加154%,相关疾病增加160%,lncRNA-疾病关联增加186%,相互作用增加235%,结构增加138%,环状RNA增加234%,耐药lncRNA增加235%,exosomal lncRNAs增加4724%。
- 更重要的是,它纳入了其他信息,包括功能分类、详细的相互作用途径、同源lncRNA、lncRNA位置、COVID-19、相分离和类器官相关的lncRNA。
- 网页界面在浏览、可视化和搜索方面得到了实质性的改进
- 对ChatGPT进行了信息提取和功能概述测试,并指出了其局限性
EVLncRNAs 3.0代表了实验验证的功能lncRNA的最广泛的策划资源,将作为揭示新兴lncRNA功能不可或缺的平台。
数据库官方网址:https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs3/#/
image-20231126105749060.png数据统计
新版本的EVLncRNAs-V3.0包括:162个species,6195 EVlncRNAs。
还加入了当下最热门的话题:CHatGPT 以及类器官 Organoid 相关词条。
CHatGPT:利用ChatGPT(https: //chat.openai.com)从文献摘要中提取有用信息的可能性。
看了一下不同物种的EVlncRNA,貌似只有人的最多,其他的基本都在1k以下:
image-20231126111820339.png不同版本的比较
图A:在三个版本的数据库中,经过实验验证的功能性lncRNA数量的前10个物种
图B:在该数据库的三个版本中,报道最常见的功能性lncRNA
lncRNA与疾病的相关性
图A:条目数量最多、相关lncRNA最多的前15种疾病
图B:数据库中与疾病、癌症或非癌症相关的前15个lncRNA
新增内容:功能分类
通过基于基因本体论功能类别的分类,可以更好地阐明lncRNA的多种功能作用。
下图为:每个功能类别中的前10个功能。(A)生物过程。(B)细胞组件。(C)分子功能。(D)临床应用程序。
数据库主要界面
image-20231126111318256.png数据下载
好像非常简单:https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs3/#/download
直接是一个压缩包:
image-20231126111936366.png文献信息:
作者单位为:山东省生物物理重点实验室,德州大学生物物理研究所 联合 系统与物理生物学研究所(深圳Bay实验室)
Nucleic Acids Research, gkad1057, https://doi.org/10.1093/nar/gkad1057
EVLncRNAs 3.0: an updated comprehensive database for manually curated functional long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments
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