2020-01-23 【转录组】二、fastp 批量 质控及过滤

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for i in {52..61};do fastp -i ~/1data/01fastq/SRR31837${i}.sra_1.fastq -o ~/1data/03fastp/SRR31837${i}_1.fastq.gz -I ~/1data/01fastq/SRR31837${i}.sra_2.fastq -O ~/1data/03fastp/SRR31837${i}_2.fastq.gz -w 16 --html ~/1data/03fastp/${i}.html --json ~/1data/03fastp/${i}.json;done

WARNING: fastp uses up to 16 threads although you specified 24 #虽然我设置了24线程，但软件最高支持16线程

看来多核利用效率还可以

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一对fastq质控时间在450秒～620秒之间，速度算快的了