文献 1
标题：A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea
中文：细菌古菌注释到种
杂志：NBT
时间：2020
摘要：
基因组分类学数据库是一种系统发育一致的、基于基因组的分类学，提供了约15万个细菌和古细菌基因组从域到属的有序分类。然而，基因组分类数据库中几乎40%的基因组没有物种名。我们通过使用普遍接受的平均核苷酸鉴定标准来设定物种界限，并提出包含所有公开可用的细菌和古细菌基因组的物种群，来解决这一限制。与以往一般的核苷酸鉴定研究不同，我们选择了一个具有代表性的基因组作为定义每个物种的有效命名“类型”。在24706个提议的物种群中，8792个是基于已发表的名称。我们为剩余的15914个物种cluster指定了占位符名称，为越来越多的未栽培物种的基因组提供名称。该资源为细菌和古细菌基因组提供了一个完整的从域到种的分类框架，这将有助于对未栽培物种的研究和提高科学结果的交流。
GTDB Species Cluster Toolkit:
https://github.com/Ecogenomics/gtdb-species-clusters
文献2：
标题：GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database
中文：用GTDB数据库注释基因组的工具
杂志：Bioinformatics
时间：2019
GTDB-Tk：https://github.com/ecogenomics/gtdbtk
官网：https://gtdb.ecogenomic.org/
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