宏基因组分析理论教程
微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程
1背景知识-Shell入门与本地blast实战
2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
3组装拼接MEGAHIT和评估quast
4基因注释Prokka
5基于Kmer比较数据集sourmash
6不比对快速估计基因丰度Salmon
7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用
MetaPhlAn2分析有参宏基因组
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