纯生信分析套路 muTarget数据库|肿瘤基因表达+突变分析利

小伙伴们大家好呀，今天要为大家介绍的是于2020年9月1日发布的数据库muTarget（http://www.mutarget.com/），分析实体瘤中基因表达变化和突变状态的数据库。

muTarget数据库：连接实体瘤中基因表达变化和突变状态的平台

muTarget介绍 分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号

muTarget数据库主要来自癌症基因组图谱（TCGA）存储库，主要包含200多个癌症标本的实体瘤收集到数据库中。

muTarget数据库的分析是基于R v3.5.2统计环境，从而进行数据处理步骤和算法开发。使用MAFtools R Bioconductor程序进行汇总。对于特定于癌症的体细胞突变，使用了突变注释格式（MAF）文件，该文件已排除了质量低下的信号和最有可能代表种系改变的变体。

根据snpEff为规范转录本生成的序列本体将每个突变分为三个功能组，包括“所有突变”，“蛋白质编码突变”和“破坏性突变”。所有突变组都包括基因的任何改变;蛋白编码突变组包括那些蛋白编码序列的突变，包括错义，同义，移码，翻译起始和终止密码子相关突变；破坏性突变组仅包括那些实际上破坏蛋白质结构的突变，即翻译起始和终止密码子相关突变和移码突变。

对于基因表达，使用了由Illumina HiSeq 2000 RNA Sequencing Version 2平台生成的原始高通量测序（HTSeq）分析RNA-seq数据。使用基于负二项式分布的“DESeq”软件包对原始计数数据进行了归一化处理。应用“AnnotationDbi”包来用基因符号注释Ensembl转录本ID。

下面就让我们来看看这个数据库吧……

Home

muTarget的主页界面非常简洁，配色也突出重点。主页的正中间是数据库的使用方法，可以说是非常人性化了。

Seach

检索和分析方式分为有2种，一种是同通过突变去检索相关差异化表达的基因，另一种是通过差异表达基因去检索相关的基因突变。详细的描述和检索方式为：

第一种：通过“Genotype”分析，可以鉴定出携带突变输入基因的样品中表达改变的基因。

以TP53和TP53BP1突变检索实体瘤类型Bladder cancer, Breast cancer, Brain Lower Grade Glioma, Liver cancer, Melanoma, Gastric cancer为例：

结果展示Liver cancer为例，检索不仅可以得到突变基因在实体瘤中影响的基因表达目录以外，还能得到表达的箱线图。

第二种：通过“ Target”运行，可以识别导致输入基因表达变化的突变。

以TP53基因为例，去检索TP53在实体瘤中相关的基因突变。

以liver cancer为例，检索TP53相关的基因突变，得到以下结果，不仅得到基因突变目录，也可以得到基因的表达箱线图。

Download

检索得到的基因或者突变，都可以进行数据和图的下载。下载链接直接在表格或者图的下面，点击后，表格的下载，得到一个网页数据，在TXT文件中去掉格式后，可以在excel中粘贴得到完整的表格。

图的下载，点击后生成PDF的箱线图，可以直接下载保存PDF文件。

其他 分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号

如果使用这个数据库，可以直接引用文章。

数据库还提供了团队的联系方式，有问题可以直接访问他们的网页去联系科研小组。

这么方便好用又强大的数据库，快来pick一下吧……