从零开始的基因组分析自学（七）-基因组质量评估

#quality assessment (qq.com)

QUAST：评估基因组scaffold N50，L50等指数。

BUSCO：基因组和预测的蛋白组都可以用BUSCO评估基因组组装或注释的完整度(completeness)。

LAI：通过LTR组装指数评估基因组的连贯性(continuity)。

raw data mapping：把测序的reads（包括pacbio，Illumina，RNA-seq reads等）映射回组装好的基因组，评估mapping rate，genome coverage，depth分布等指标。这有非常多工具可用。

除了EBP建议的工具，还有许多其他工具。

比如FastaSeqStats用来评估基因组组装。

对于污染（contaminations），尤其是小的contigs的污染，还可以用blobtools进行评估和处理。

QUAST使用手册：QUAST 5.2.0 manual (sourceforge.net)

无参基因组和有参基因组的组装大概是有一些区别的。参考这篇：使用QUAST评估基因组组装质量 (qq.com)

WGS主流程：从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第4节 构建WGS主流程 (qq.com)

（其他文章目录）https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=MzAxOTUxOTM0Nw==&hid=1&sn=d945cf61bd86e85724e146df42af5bcc&scene=1&devicetype=iOS15.7&version=18001f2f&lang=zh_CN&nettype=WIFI&ascene=7&session_us=gh_2942f3f5dbfe&fontScale=100

个人觉得需要把每个过程产生的文件类型，如fasta，fastq，bam，sam文件的格式至少初步了解。

参考：基因学苑文章列表（2021年7月） (qq.com)

我突然悟了。我想找那种手把手教我分析的视频 要么是要钱 （四五千），要么是免费讲的很一般。

所以三五百的课真的算便宜了

其实软件的操作就是一行代码的事，主要是调参数！

找了中文的研究生论文发现软件写得是很清楚，但是参数和代码不是公开的，可能还得继续找

CNNS的参数都写得很清晰。

目标 年前学会画圈图！