一、安装

RMBlast序列搜索引擎RMBlast Download Page (repeatmasker.org)

image.png

# 下载RMBlast源码包并编辑
cd ~/software/
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.11.0/ncbi-blast-2.11.0+-src.tar.gz
wget https://www.repeatmasker.org/rmblast/isb-2.11.0+-rmblast.patch.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-src.tar.gz
gunzip isb-2.11.0+-rmblast.patch.gz
cd ncbi-blast-2.11.0+-src/
patch -p1 < ../isb-2.11.0+-rmblast.patch
cd c++/
./configure --with-mt --without-debug --without-krb5 --without-openssl --with-projects=scripts/projects/rmblastn/project.lst --prefix=/share/home/stu_wanbeiyuan/software/rmblast
make

image.png

# 安装程序及库至系统目录，有报误
make install 
![image.png](https://img.haomeiwen.com/i14327936/c9bf542aaed6c500.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
# 测试程序是否安装成功
/share/home/stu_wanbeiyuan/software/rmblast/rmblastn -h
# 服务器安装失败
# 在自己的子系统中安装成功  # sudo make install

1.conda安装

conda安装虽然简单，但还是有很多坑，而且很多都是隐形的坑。

# conda install -c bioconda repeatmasker
conda install -c bioconda repeatmodeler

repeatmodeler依赖于repeatmasker，因此其实你只要安装repeatmodeler就好。其中repeatmasker很大，270多Mb，网络不行的话你需要多换几个镜像试试。
安装后，试运行各个程序没毛病，但其实隐藏杀机。

2.配置RepBase

RepBase注册下载需要审核等待，在网上找现成的就好。RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz解压后，将其复制到RepeatMasker/Libraries下面。RepBase解压后主要文件是RMRBSeqs.embl和README.RMRBSeqs，如有必要（目前我还没用到，所以这里可不用转化），可以通过以下脚本awk.sh转化为fasta：

/^ID/   {printf(">%s;",$0); next;}
/^(PT|PA)/  {printf(" %s;",$0); next;}
/^\/\// {printf("\n"); next;}
/^    / {printf("\n%s",substr($0,5)); next;}
   {   
   /* ignore default */
   }   
END   {   
   printf("\n");
   }