照例先附参考文件：
1. RepeatMasker的安装与使用 2021-02-28 https://www.jianshu.com/p/3b43bfa5f890 （涉及重新安装rmblastn）
2. RepeatModeler+RepeatMasker的安装与使用 https://www.jianshu.com/p/8c20f7922f90 和 基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用 https://www.jianshu.com/p/ffdbedae80fa （涉及RepeatMasker安装和配置）
3. LAI: 评估基因组质量一个标准 https://www.jianshu.com/p/7d794d22e0a0 （涉及LTR_retriever安装和基因组评估）
需求：
需要安装LTR_retriever进行基因组评估。
要想保证LTR_retriever软件能够顺利的安装，需要先安装如下这几个软件, 好消息是这些软件都可以通过bioconda解决
makeblastdb, blastn, blastx
cd-hit-est
hmmserch
RepeatMasker （会自动安装所以来的TRF和RMblast）
所以偷懒，依次用conda安装了上述软件。
同样用conda安装了LTR_FINDER；按照教程完成了第一步的分析。
但是第二步时（LTR_retriever -threads 4 -genome Athaliana.fa -infinder Athaliana.finder.scn），报错，原因为：Dependency checking: Error: The RMblast engine is not installed in RepeatMasker!
RepeatMasker依赖问题。可能是conda只负责安装，不进行依赖配置？？？按照（2. RepeatModeler+RepeatMasker的安装与使用）进行了RMblast engine配置。
但是依旧报相同的错误。尝试运行rmblastn发现根本无法运行（symbol lookup error: /public/home/agis_kongweilong/anaconda3/bin/../lib/ncbi-blast+/libxcleanup.so: undefined symbol: _ZN4ncbi7objects4edit12GetNewPrtraitsIcESaIcEEEb）。这可能是问题根本所在。所以重新安装rmblast（1. RepeatMasker的安装与使用）。
wget -c http://repeatmasker.org/rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
cd ~/miniconda3/envs/bioinfo/bin
rm rmblastn
cp ~/rmblast-2.10.0/bin/* .
值得注意：
RepeatMasker自身带的库只是一个精简库，需要手动添加库，在重新配置一下。
参考：https://github.com/rmhubley/RepeatMasker/blob/master/INSTALL
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14624488.html
其他有用参考：
https://www.jianshu.com/p/dc6cca529560
https://www.jianshu.com/p/a8c9e875b17f （RepeatModeler安装）
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