生物信息学软件错综复杂，平台依赖，库依赖导致各种软件安装bug，为此我们这里介绍下比较常用软件控制工具conda

conda主要有两种版本，anaconda和miniconda，这里主要介绍miniconda3.

1.软件的下载和安装

# download latest conda installer

curl -O https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# run the installer

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# delete the installer after successful run

rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# add the conda path to our shell config files

echo 'export PATH="/home/manager/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc

2.添加镜像

镜像就是我们来安装软件时，安软查找需要的库，添加实用的镜像会让我们安装软件更加迅速快捷

# Install some conda channels

# A channel is where conda looks for packages

conda config --add channels defaults

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

3.环境

为什么要创建环境，因为很多生物信息软件在安装的过程中，需要很多依赖，而不同的软件需要的依赖包的版本可能不一样，

如果都将软件安装在conda main目录会导致依赖包的冲突，因此，我们在很多场合下需要创建新的安装环境。

    创建环境

    conda create -n ngs python=3

    激活环境

    conda activate ngs

    $ conda activate ngs

    # Lets look at the content of the PATH variable

    (ngs) $ echo $PATH

    /home/manager/miniconda3/envs/ngs/bin:/home/manager/miniconda3/bin:/usr/local/bin: ...

    在新的环境中，我们打印出$path,发现现在在我们创建的新环境下，此时安装软件就会安装在 envs/ngs下面。

   退出环境

    conda deactivate

    删除环境

    conda remove -n ngs --all

4.安装软件

conda install package

5.常用conda命令

# to search for packages

conda search [package]

# To update all packages

conda update --all --yes

# List all packages installed

conda list [-n env]

# conda list environments

conda env list

# create new env

conda create -n [name] package [package] ...

# activate env

conda activate [name]

# deavtivate env

conda deactivate

# view conda configuration information

conda --version

conda info 

conda info --envs

未完待续...